일본 정부가 대일 직접투자 확대와 지역경제 활성화를 동시에 추진하면서, 지방 투자와 연계한 세제 및 지자체 지원제도를 강화하고 있다. 이러한 지역투자 지원제도는 외국기업 만을 위한 별도 제도라기보다, 일본에서 과세되는 기업이 일정 요건을 충족할 경우 내·외국기업 공통으로 활용할 수 있다는 점이 특징이다. 따라서 일본 지방에 본사기능, 연구개발 거점, 첨단 제조설비 등을 설치하려는 한국 기업은 관련 제도를 적극 검토할 수 있다.

일본, 지역 활성화 및 대일 직접투자 확대를 함께 추진

일본 정부는 「대일직접투자촉진프로그램 2025」에서 대일 외국인직접투자(FDI) 잔액 목표를 2030년 120조 엔, 2030년대 전반 중 가능한 한 이른 시기에 150조 엔으로 상향했다. 2026년 프로그램에서도 해당 목표 달성을 위한 정책을 이어가고 있다. 특히 AI, 반도체, 바이오, GX(녹색전환), 첨단의료, 정보통신 등 성장산업 분야에서 지역 산업클러스터 형성과 해외기업 유치를 연계하는 정책 기조가 뚜렷하다.

이는 단순한 지방기업 지원정책이라기보다, 도쿄권 집중 완화, 지역의 고부가가치 일자리 창출, 전략산업 공급망 강화, 외국자본 및 기술 유치를 동시에 달성하려는 목적이 있다. 또한 일본의 지역투자 지원은 중앙정부가 전국의 낙후지역을 획일적으로 지정하는 방식이 아니라, 지자체가 수립한 지역계획과 기업별 사업계획을 연계하는 상향식 구조로 운영된다는 점도 특징이다.

지역균형개발 투자유치 인센티브

일본의 대표적인 지역투자 인센티브는 크게 지방거점강화세제와 지역미래투자촉진세제 두 가지다. 전자는 도쿄 23구의 본사기능을 지방으로 이전하거나 지방에서 본사 기능을 확충하는 기업을 지원하는 제도이고, 후자는 지역의 산업·기술·인력 등 특성을 활용한 고부가가치 투자와 지역경제 파급효과 창출을 지원하는 제도다.

[자료 : 경제산업성, 내각부 지방창생추진사무국, JETRO, 아이치현 지방거점강화세제]

본사 기능 이전·확충에는 ‘지방거점강화세제’

지방거점강화세제는 지자체가 지역재생법에 따라 수립하고 국가가 인정한 「지역재생계획」을 기반으로 운영된다. 실제로 세제 혜택을 받기 위해서는 기업이 해당 계획에서 정한 「지방활력향상지역 등」 내에서 사무소, 연구소, 연수원 등 본사 기능 시설을 이전하거나 확충하고, 별도의 「지방활력향상지역 등 특정업무시설 정비계획」을 작성해 착공 전에 도도부현지사의 인정을 받아야 한다.

지원 내용은 건물 등 취득가액에 대한 특별상각 또는 세액공제다. 신축·증축·신축 건물 매입의 경우 1) 이전형 : 25% 특별상각 또는 7% 세액공제, 2) 확충형 : 15% 특별상각 또는 4% 세액공제가 적용된다. 또한 2026년 기준 상향요건 충족 시에는 1) 이전형 : 8% 세액공제, 2) 확충형 : 20% 특별상각 또는 5% 세액공제까지 가능하다. 세제 대상이 되는 취득가액 하한은 4500만 엔(중소기업 1000만 엔)이며, 상한은 80억 엔이다.

다만 실무적으로는 과거 고용촉진세제와의 구분에 유의할 필요가 있다. 2026년 4월 이후 신규 인정계획에는 종전 고용촉진세제가 적용되지 않으며, 2026년 3월 말까지 인정된 계획에 대해서만 경과 적용이 가능하다.

첨단 설비투자에는 ‘지역미래투자촉진세제’

지역미래투자촉진세제는 지방의 산업집적, 기술, 인력, 관광자원 등 지역 특성을 활용하는 고부가가치 사업을 지원하는 제도다. 도도부현·시정촌이 기본계획을 작성하고 주무대신의 동의를 받으면, 기업은 그 계획에서 정한 촉진구역과 사업분야에 부합하는 「지역경제견인사업계획」을 수립해 도도부현지사의 승인을 받아야 한다.

세제 지원 수준은 다음과 같다.

ㅇ 기계·장치·기구비품: 35% 특별상각 또는 4% 세액공제

ㅇ 상향 요건 충족 시: (상향유형 A) 50% 특별상각 또는 5% 세액공제, (상향유형 B) 세액공제 최대 6% 

ㅇ 건물·부속설비·구축물: 20% 특별상각 또는 2% 세액공제

세액공제는 해당 사업연도 법인세액의 20% 한도이며, 신품 취득자산만 대상으로 한다. 대여용자산과 중고자산은 제외된다. 이 제도는 기본 혜택을 받기 위한 요건도 비교적 엄격하다. 통상유형(기본 혜택)의 주요 과세특례 확인요건은 다음과 같다.

  1) 선진성평가위원회에서 사업의 선진성을 인정받을 것

  2) 노동생산성 증가율 4% 이상이거나 투자수익률(ROI) 5% 이상일 것

  3) 설비투자액이 1억 엔 이상일 것(세제 대상 취득가액은 한 승인계획 당 총 80억 엔 한도)

  4) 설비투자액이 전년도 감가상각비의 25% 이상일 것

  5) 매출액 증가율이 0%를 초과하고 최근 5개 연도의 대상사업 관련 시장규모 증가율보다 5% 이상 높을 것

  6) 기존 과세특례 확인계획 보유기업의 재신청 시 기존 계획 종료 및 일정 실적요건 충족할 것

또한 투자기업은 도도부현지사의 지역경제견인사업계획 승인만 받으면 끝나는 것이 아니라, 자산 취득 전에 주무대신의 과세특례 확인을 별도로 받아야 한다는 점도 중요하다.

2026년 기준으로 실무 상 주목할 만한 상향유형 A의 최신 적용유형은 위 6가지의 통상유형을 기본으로 하면서, 다음 요건을 충족해야 한다. 

  ㅇ 노동생산성 증가율 5% 이상 및 ROI 5% 이상

  ㅇ 지역경제 성장·발전에 특히 기여하는 지정 업종 해당

  ㅇ 설비투자액 10억 엔 이상

  ㅇ 승인된 지역경제견인사업에서 1억 엔 이상의 부가가치액 창출

상향유형B는 여기에 더해 산업경쟁력강화법상 특정중견기업자 확인, 파트너십 구축 선언 등 별도의 추가 요건이 요구된다.

지자체 추가지원까지 함께 봐야 실질적 혜택 파악 가능

일본의 지역투자 인센티브는 국가세제에 그치지 않는다. 도도부현·시정촌은 별도로 기업입지 보조금, 지방세 감면, 임차료 지원, 고용·교육훈련 지원 등을 운용하고 있다. 특히 지역미래투자촉진법에 따른 승인사업의 경우, 지자체 조례에 따라 부동산취득세·고정자산세의 과세면제 또는 불균일과세가 가능한 경우도 있다. 지방거점강화세제 역시 지자체별 지방세 감면이나 입지보조금과 결합될 수 있다.

즉, 동일한 일본 진출이라 하더라도 어느 지역에 투자하는 지에 따라 실제 지원 패키지가 상당히 달라질 수 있다. 국가세제의 대상자산과 지자체 보조금의 대상경비가 서로 다를 수 있다는 점도 실무적으로 중요하다. 국세 차원의 세제는 토지매입비, 임차료, 운영비를 직접 공제하지 않는 반면, 지자체 보조금에서는 이러한 항목을 일부 지원하는 사례도 있기 때문이다.

투자 전에 반드시 확인할 사항은 ‘사전절차’

한국 기업이 일본의 지역투자 인센티브를 검토할 때 가장 유의해야 할 점은 사전절차다. 지방거점강화세제는 기업별 정비계획의 사전 인정이 필요하고, 지역미래투자촉진세제는 사업계획 승인에 더해 자산 취득 전 주무대신의 과세특례 확인도 받아야 한다.

즉, “지방에 투자하면 자동으로 혜택을 받는다”는 구조가 아니다. 투자계약 체결, 설비 발주, 자산 취득, 공사 착수 등의 일정이 세제 절차보다 앞서게 되면 혜택 적용이 어려워질 수 있다. 따라서 초기 단계부터 지자체, 세무전문가, 필요 시 JETRO 등과 함께 투자일정과 인센티브 신청시기를 동시에 설계하는 접근이 필요하다.

<일본 지역투자 인센티브 활용 절차>

[자료 : 내각부 지방창생추진사무국 '지방거점강화세제 및 관련지자체지원정책', 경제산업성 '세제지원']

시사점

일본의 지역균형발전형 투자 인센티브는 한국의 지역투자 정책과 비교할 때 몇 가지 시사점을 준다.

첫째, 일본은 외국기업만을 위한 별도 제도보다 내·외국기업 공통의 세제·지방세·보조금 패키지를 운용하면서, 지역산업전략과 외국기업 유치를 연계하고 있다.

둘째, 중앙정부가 획일적으로 대상지역을 정하기보다 지자체가 기본계획을 수립하고 국가가 이를 승인·동의하는 상향식 구조를 채택해 지역 특성을 보다 유연하게 반영하고 있다.

셋째, 외국기업 입장에서는 단순히 국가세제만 보기보다 국가세제 + 지자체 보조금 + 지방세 감면 + 산업클러스터를 하나의 패키지로 비교하는 것이 효과적이다.

특히 본사 기능이나 R&D 거점을 이전·확충하려는 기업은 지방거점강화세제를, 지역 산업과 연계한 제조·첨단설비 투자를 추진하는 기업은 지역미래투자촉진세제를 우선 검토할 수 있다. 반도체, AI, 바이오, GX 등 일본 정부가 지역 클러스터 형성을 추진하는 분야에서는 이러한 정책의 활용 가능성이 더욱 커질 것으로 보인다.

자료 : 내각부 「대일직접투자촉진프로그램(2026)」, 내각부 지방창생추진사무국 「지방거점강화세제」, 아이치현 「지방거점강화세제」, 경제산업성 「지역미래투자촉진법」, 경제산업성 「세제지원」, 경제산업성 「지자체용 페이지」, 국세청 「No.5436 지역미래투자촉진세제」, JETRO 「지자체 인센티브」