e-Invoice 도입으로 기업 거래정보까지 디지털화

말레이시아는 세무행정의 디지털화를 위해 e-Invoice 제도를 단계적으로 도입하고 있다. e-Invoice는 기존 종이 또는 PDF 형태의 인보이스를 단순히 전자문서로 바꾸는 개념과는 다르다. 판매자가 거래정보를 말레이시아 국세청(Inland Revenue Board of Malaysia, HASiL)의 MyInvois 시스템에 제출하고 검증을 받은 뒤 구매자에게 제공하는 구조다.

상품 판매와 서비스 제공을 비롯해 신용·차감 조정, 환불 등 기업의 주요 거래정보가 전자적으로 기록된다. 검증된 e-Invoice에는 HASiL의 고유 식별번호와 검증 일시 등이 부여되며, 해당 거래정보는 HASiL 시스템에 저장된다. 이에 따라 기업 입장에서는 기존 인보이스 발행 업무뿐 아니라 매출·매입 자료와 세무자료를 일관되게 관리하는 것이 더욱 중요해지고 있다.

2024년 대기업부터 시행, 2026년 중소기업까지 적용 확대

말레이시아의 e-Invoice는 기업 규모에 따라 단계적으로 시행됐다. 연간 매출 또는 수입이 1억 링깃(약 2500만 달러)을 초과하는 사업자는 2024년 8월 1일부터 적용됐으며, 2,500만 링깃(약 625만 달러) 초과~1억 링깃(약 2500만 달러) 이하 사업자는 2025년 1월, 500만 링깃(약 125만 달러) 초과~2,500만 링깃(약 625만 달러) 이하 사업자는 같은 해 7월부터 적용됐다. 이어 연간 매출 또는 수입이 500만 링깃 이하(약 125만 달러)인 사업자로 적용범위가 확대됐다.

다만 HASiL은 2026년 8월 30일 e-Invoice 면제기준을 연간 매출 또는 수입 300만 링깃(약 75만 달러) 미만으로 상향했다. 이에 따라 해당 기준 미만 사업자는 원칙적으로 e-Invoice 적용이 면제된다. 그러나 모든 소규모 기업이 면제되는 것은 아니다. 연매출·수입이 300만 링깃 이상인 비개인 주주가 있거나, 300만 링깃 이상인 모회사의 자회사인 경우, 또는 같은 기준 이상의 관계회사나 합작기업(Joint Venture)을 보유한 경우에는 면제를 적용받을 수 없다.

따라서 매출규모가 작은 한국계 현지법인이라도 한국 본사나 관계기업과의 지배구조에 따라 e-Invoice 의무 대상이 될 수 있다. 현지법인의 매출액만을 기준으로 적용 여부를 판단하기보다 주주와 모회사, 관계회사 구조까지 함께 확인할 필요가 있다.

기존 PDF 인보이스와 다른 e-Invoice, MyInvois에서 검증

e-Invoice 제도 시행 이후 기업은 거래가 발생하면 필요한 거래정보를 MyInvois에 제출해야 한다. HASiL이 이를 검증하면 고유 식별번호 등이 포함된 검증 완료 e-Invoice가 생성되고, 판매자는 이를 구매자에게 제공한다. 정보가 정확하지 않은 경우에는 수정 후 다시 제출해야 한다.

따라서 기업이 기존 회계프로그램에서 인보이스를 PDF로 생성해 고객에게 이메일로 전달하는 것만으로는 e-Invoice 요건을 충족할 수 없다. 기업의 거래정보가 MyInvois를 통해 HASiL에 제출되고 검증되는 과정이 추가된다는 점이 기존 인보이스 발행 방식과 가장 큰 차이다.

HASiL은 e-Invoice 제출방식으로 MyInvois Portal과 응용프로그램 인터페이스(API) 두 가지를 제공하고 있다. 기업은 거래 규모와 기존 시스템 환경에 따라 적절한 방식을 선택할 수 있다.

거래량 많다면 ERP·회계시스템과 API 연동 검토

별도의 전사적 자원관리시스템(ERP)을 구축해야만 e-Invoice를 이용할 수 있는 것은 아니다. 거래량이 많지 않은 기업은 MyInvois Portal에서 개별 e-Invoice를 작성하거나 지정된 엑셀파일을 활용한 일괄 업로드 방식으로 처리할 수 있다.

반면 거래량이 많은 기업은 API를 이용해 기존 ERP 또는 회계시스템과 MyInvois를 연동할 수 있다. HASiL은 API 방식이 대량의 거래를 처리하는 기업에 적합하다고 안내하고 있으며, 기업의 ERP를 MyInvois와 직접 연결하거나 Peppol 등 기술사업자를 이용하는 방식도 허용하고 있다.

이에 따라 e-Invoice 대응은 회계부서의 인보이스 발행업무에만 국한되지 않는다. 고객과 공급업체 정보, 매출·매입 데이터 등 e-Invoice 작성에 사용되는 기초 거래정보가 정확해야 하기 때문이다. 특히 거래량이 많은 제조·유통기업의 경우 기존 ERP에서 보유한 거래정보가 MyInvois에서 요구하는 정보와 제대로 연계되는지를 사전에 확인할 필요가 있다.

한국 본사와의 상품·서비스 거래도 유의해야

한국기업이 특히 살펴볼 부분은 말레이시아 현지법인과 한국 본사 등 해외사업자 간 거래다. 해외 공급자는 말레이시아 e-Invoice 발행 의무를 직접 부담하지 않기 때문에, 말레이시아 기업이 해외에서 상품이나 서비스를 구매하는 경우에는 일정 요건에 따라 자체발행 e-Invoice(Self-billed e-Invoice)를 작성해야 한다.

HASiL의 지침에 따르면 해외 공급자가 현지 관행에 따라 기존 인보이스·청구서 등을 발행하면, 말레이시아 구매자가 해당 비용을 세무상 입증하기 위한 Self-billed e-Invoice를 MyInvois에 제출하는 구조다. 해외 공급자가 MyInvois에 직접 e-Invoice를 발행하는 방식이 아니라 말레이시아 측 구매자가 공급자를 대신해 관련 거래정보를 신고하는 것이다.

따라서 한국 본사가 말레이시아 법인에 상품이나 서비스를 공급하는 기업은 현지법인의 국내 거래뿐 아니라 본사와의 거래도 e-Invoice 관리범위에 포함될 수 있다는 점을 고려해야 한다. 특히 본사에서 청구하는 서비스비용이나 기타 관계회사 간 거래가 많은 기업이라면 어떤 거래에서 Self-billed e-Invoice가 필요한지 내부 회계 프로세스를 점검할 필요가 있다.

거래정보 관리 중요성 확대, 2027년 말까지 중소기업 완화조치 운영

e-Invoice가 정착되면 기업이 제출한 거래정보가 MyInvois를 통해 검증·저장되므로 기업의 회계기록과 세무신고 자료 간 정합성을 관리하는 것도 중요해진다. HASiL은 검증된 e-Invoice를 데이터베이스에 저장하며, 기업 역시 관련 거래자료와 증빙을 별도로 보관해야 한다고 안내하고 있다.

다만 2026년 적용대상이 된 중소규모 사업자에 대해서는 적응기간이 제공되고 있다. 최신 e-Invoice Specific Guideline에 따르면 연간 매출 또는 수입 500만 링깃(약 125만 달러) 이하의 적용 대상 사업자는 2027년 12월 31일까지 임시 완화기간이 적용된다. 이 기간에는 개별 거래별 e-Invoice 대신 통합 e-Invoice를 발행하는 등 일부 요건을 완화해 적용할 수 있다.

또한 HASiL은 2026년 7월 7일부터 2027년 12월 31일까지 e-Invoice 특별 자진신고 프로그램을 운영하고 있다. 의무 시행일 이후 e-Invoice를 누락했거나 제출한 정보에 오류가 있는 기업 등이 일정 요건에 따라 과거 오류를 정정할 수 있도록 한 제도다. 해당 프로그램에 따라 적정하게 신고한 e-Invoice에는 원칙적으로 관련 준수검토와 제재조치가 적용되지 않지만, 허위·고의적 불이행이나 과실 등이 있는 경우에는 보호 대상에서 제외될 수 있다.

시사점: 적용 여부부터 본사 간 거래·시스템까지 함께 점검해야

말레이시아 e-Invoice는 단순히 기존 인보이스를 전자화하는 제도라기보다 기업의 거래정보를 MyInvois와 연결하는 새로운 거래·세무관리 체계라는 점에 주목할 필요가 있다.

말레이시아에 이미 진출한 한국기업은 우선 현지법인의 매출규모와 주주·모회사·관계회사 구조를 기준으로 e-Invoice 적용 여부를 확인해야 한다. 연매출 300만 링깃 미만이라는 이유만으로 면제 대상이라고 단정하기 어렵기 때문이다. 신규 투자기업 역시 법인 설립 이후 적용시점과 거래구조를 사전에 파악할 필요가 있다.

적용 대상 기업이라면 다음 단계는 거래규모에 맞는 처리방식을 결정하는 것이다. 거래량이 많지 않은 기업은 MyInvois Portal을 활용할 수 있지만, 거래가 많은 제조·유통기업은 기존 ERP·회계시스템과 API 연동 여부를 검토하는 것이 효율적일 수 있다. 동시에 한국 본사를 비롯한 해외 공급자와의 거래가 많은 기업은 Self-billed e-Invoice 처리절차까지 함께 점검해야 한다.

결국 e-Invoice 대응의 핵심은 새로운 시스템을 도입하는 데만 있는 것이 아니다. 현지법인의 매출·매입 거래와 본사 간 거래가 어떤 방식으로 생성되고 기록되는지를 파악하고, 이를 MyInvois에 정확하게 연결할 수 있는 내부 프로세스를 갖추는 것이 중요하다.

자료: 말레이시아 국세청(HASiL), e-Invoice Guideline Version 4.8(2026.8.30), e-Invoice Specific Guideline Version 4.9(2026.9.7), e-Invoice Implementation Timeline 등 쿠알라룸푸르무역관 종합