ㅇ 소명서류의 작성 수준 향상: 과거와 달리 현행 익명ㆍ비대면세무조사 시스템 상 세무조사관에게 구두로 소명할 기회가 사라졌다. 이에 따라 문서만이 납세자의 입장을 소명할 수 있는 유일한 수단이 되었으므로, 소명서류의 작성 수준이 뛰어나서 납세자의 입장을 논리적으로 설명할 수 있어야 한다. 현재 비디오 컨퍼런스를 통한 소명 역시 도입이 고려되고 있기는 하나, 현재로서는 문서로만 소명이 이루어지기 때문에 과거에 비해 세무조사관이 제출한 문서를 이해하기 어렵다는 이유로 추징세액을 발생시키는 등의 사례가 많아지고 있다.
 ㅇ 짧은 답변 제출기한: 과세당국은 질의사항에 대한 답변에 굉장히 짧은 기한을 요구하고 있다. 이러한 기한 제시는 납세자가 답변 준비에 시간이 많이 필요할 때 굉장한 부담이 되고 있다. 연기신청이 가능하기는 하나, 지금까지 과세당국의 태도를 보면 연기신청에 대해서 굉장히 엄격한 모습을 보여, 답변 준비에 기업들이 큰 부담을 받고 있다.

 ㅇ 온라인 포털의 기술적인 문제: 익명ㆍ비대면세무조사를 위한 온라인 포털은 납세자들이 제공하는 대량의 데이터를 수용하기 위해 수시로 업데이트되고 있다. 또한, 비밀유지 및 시스템 및 사용자 인터페이스 개선을 위해 온라인 포털에서 계속 업데이트가 이루어지고 있는데, 이는 납세자 입장에서 갑작스러운 변경으로 인한 사용 문제를 야기하고 있다.

 ㅇ 적합한 자문사를 통해 법적/세무적 요소를 고려한 문서 작성: 상기에서 언급한 바와 같이, 소명서류의 논리적 소명이 적절하게 이루어 져야 한다. 따라서, 충분한 역량을 가진 적절한 자문사를 통한 문서 준비 및 적절한 업무 추적이 이루어져야 한다. 

 ㅇ 답변에 대한 사전 예측 및 준비: 앞서 언급하였듯이 세무조사관은 굉장히 짧은 답변시한을 요구하고 있다. 과거 경향이나 산업 특성을 고려하여 세무조사관이 의문을 제기할 사항을 미리 예측하여 답변을 준비하는 것이 유리하다.

 ㅇ 불복절차에 대한 철저한 대비: 대면 회의를 통한 소명 기회가 사라졌기 때문에, 세무조사관들이 추징세액을 부과하는 일이 과거보다 빈번해졌다. 따라서, 과거에 비해 불복절차를 진행하여야 할 일이 빈번해 졌으므로 이에 대한 대비 역시 필요하다. 장기적인 불복절차를 고려한 세무조사 대응이 필요하다.

 ㅇ 세무조사 대응을 위한 소프트웨어 사용: 일부 기업들이 세무조사 절차를 보조하기 위한 소프트웨어를 출시하였다. 이러한 소프트웨어는 통지수령을 사용자에게 알리고 납기일에 대한 알림을 공지하는 등의 기능을 제공하며, 납세자가 제출한 자료 및 답변을 즉각 확인할수 있는 등의 기능을 제공하고 있다. 이러한 소프트웨어를 활용함으로써 세무조사 대응을 보다 효율적으로 만들 수 있다.